時は戦国乱世。先祖代々ヒラ忍者の血筋である乱太郎は、父の勧めで忍術学園に入学し、一流のエリート忍者になるべく勉強する。しかし、友達のしんべヱ・きり丸と共に、常に成績は落第点。追試、補習授業は当たり前。頑張っても空回りする3人組に先生達も振り回されるが、そんな彼らには常に事件が降り注ぐ。3人組は足りない知恵を出し合って、いつのまにやら大活躍。