「ガッチャマンII」に続くシリーズ第３弾。第１作から続く物語の完結編でもある。大破した総裁Ｘの一部は、機械生命体・総裁Ｚとして復活。人類側の巨大犯罪組織の首領エゴボスラー総統と同格の立場で結託し、三たび世界に侵攻する。人類同胞の中から出現した巨敵エゴボスラーに怒りを燃やす大鷲の健ことガッチャマン。彼は新たな必殺技ハイパーシュートにて、Ｚが造り出す鉄獣メカを粉砕する。だがそんな彼の体に異変が生じた。