大人気を呼んだタツノコプロのSFアニメの続編。押井守など当時の若いスタッフが活躍し、タツノコ新世代作品の先駆けともいえる。地球破壊に失敗した科学兵団ギャラクターの巨魁・総裁Ｘが宇宙から再来した。科学忍者隊以下の人類への復讐を誓うＸは、新幹部ゲルサドラを誕生させて組織の再編を図る。一方、仲間コンドルのジョーを失った科学忍者隊は、補充隊員ホーク・ゲッツを迎えて新たな戦いに臨もうとする。だがそこに謎の影が…。