地球滅亡までのカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂は、それぞれの思いを胸に奔走する。そんな銀時たちの前に立ちはだかったのは、幼少時代の彼らを教え導いた師匠・吉田松陽の別人格である虚（うつろ）だった。銀時たちを援護するべく、新八と神楽、さらには真選組やかぶき町の面々、かつてのライバルたちも立ち上がる。