宮沢賢治の世界を再現したテーマパーク、イーハトーブワールドの銀河鉄道列車に乗る事になったコナンたち少年探偵団と蘭、園子。 幻想的な星空の世界を満喫していると突然、キッドからの予告状が届く。 繰り広げられる、キッドとのお宝争奪戦！しかしそこには思いもしない罠が 仕掛けられていた。 あの大人気アニメのプラネタリウム版最新作がついに登場！