ギアエンペラーと名乗る謎の男が、世界初のクラッシュギア、カイザバーンを盗み、それを使って次々と６大陸カップ上位入賞者たちを襲いはじめた。そして、その魔の手は、ついに真理野コウヤと万願寺タケシにのびる。戦いを拒むコウヤと万願寺に、ギアエンペラーは人質を取ってギアファイトを迫る。かくしてここに、コウヤのガルダフェニックスと万願寺の鎧輝(がいき)が、初の超強力タッグを組んだ戦いが始まる。